Un nuovo mobile suit...

Sulla colonia di Side 7 la stazione orbitante più lontana dalla Terra, l'esercito attende l'arrivo della Base Bianca, un'astronave da combattimento ultimo ritrovato che la Federazione Terrestre ha realizzato per opporsi al Principato di Zion. Nel frattempo due spie zioniane incaricate di seguire i movimenti della Federazione, decidono di trasgredire gli ordini ricevuti e di propria iniziativa aprono il fuoco sul satellite. Durante l'attacco mentre i civili fuggono cercando riparo nei bunker, un giovane di nome Peter Rei a causa di un'esplosione, entra in possesso di un manuale top secret che mostra il funzionamento di un robot, il Gundam RX-78, un nuovo prototipo di mobile suit della Federazione e quindi ancora in fase sperimentale.

L'abbandono di Side 7...

Intanto i due Zack di Zion continuano la loro opera di distruzione annientando avamposti, basi militari e uccidendo numerosi abitanti tra cui anche i genitori di Mirka amica di Peter. Sconcertato il giovane sale immediatamente sul mobile suit, attiva i comandi ed ingaggia subito una battaglia con i due Zack distruggendoli in men che non si dica, ma lo scontro provoca un grave danneggiamento alle paratie del satellite e numerose vittime, tra cui anche il padre di Peter Rei che viene risucchiato nello spazio. Nel frattempo i civili superstiti vengono presi a bordo della base bianca che si appresta a lasciare la colonia morente e intanto, per rimediare alla mancanza di personale qualificato, alcuni giovani vengono impiegati per ricoprire funzioni militari. Cosi Peter Rei, Kai, Hayato, Seira, Flammet, e Mirka si ritrovano improvvisamente arruolati nell'esercito.

L'attacco del maggiore Shia...

Il primo obiettivo dell'astronave è quello di raggiungere Luna 2, un piccolo asteroide utilizzato come deposito di rifornimento per la costruzione di avamposti e basi spaziali. Non appena fuori da Side 7 quest'ultima viene attaccata dal maggiore Shia Aznabull, ufficiale del principato di Zion dotato di grande esperienza e bravura come pilota di mobile suit. Il Gundam entra nuovamente in azione, e Peter Rei viene messo in grande difficoltà dal nemico, ma riesce ad avere la meglio tanto che il maggiore Shia dovrà ritirarsi con il suo Zack sorpreso dalla grande potenza del Gundam. Il tenente Bright Noah, l'unico ufficiale a bordo della base bianca, assume quindi il comando, e decide di portare l'astronave sulla Terra dove può far sbarcare i civili superstiti, ma sfortunatamente la nave si ritrova nel Nord America territorio controllato dall'esercito di Zion.

Il tradimento...

Nel frattempo la Federazione invia aiuti e rifornimenti alla Base Bianca tramite il tenente Matilda, ma Garma Zabi che comanda le truppe zioniane, escogita un piano per distruggere la nave nemica. Il giovane comandante inizia l'attacco contando anche sull'aiuto del maggiore Shia, ma il tradimento di quest'ultimo, lo farà morire durante la battaglia. Scampato il pericolo ed effettuate le manutenzioni necessarie, la base bianca riceve l'ordine di raggiungere le truppe del maresciallo Revil in Asia, per partecipare all'operazione Odessa diretta a sferrare un attacco contro l'esercito del colonnello Makube, luogotenente di Kirishia Zabi.

Ramba Ral contro Peter Rei...

Durante il tragitto però Peter Rei dovrà vedersela con il maggiore Ramba Ral, abilissimo combattente e Hamon la sua compagna, ai quali sono state affidate le operazioni militari a discapito di Shia, degradato per aver fallito la missione nel nord America. A bordo del Guf, Ramba da del filo da torcere al nostro eroe che comunque riesce sempre a uscirne vincitore, tuttavia Bright non è soddisfatto del comportamento del ragazzo che agisce impulsivamente e spesso disobbedisce agli ordini. Peter Rei risentito, decide di lasciare l'astronave ed i suoi compagni, sale a bordo del Gundam e fugge nel deserto dove casualmente trova una base segreta di Zion. Credendola di grande importanza strategica attacca l'avamposto, ma Kirishia ordina l'immediata distruzione della stessa per proteggere il segreto militare che custodisce.

Assalto alla Base Bianca...

Nel frattempo Ramba Ral predispone un assalto alla base bianca, ed insieme ai suoi soldati riesce a penetrare all'interno, ma una volta dentro scopre che l'equipaggio è formato soltanto da giovani e riconosce in Seria la piccola principessa Artesia, figlia di Zion Zum Daikun di cui era fedele servitore. Nel frattempo Peter Rei si riunisce ai compagni, e con il Gundam sventa il piano di Ramba Ral che ormai sconfitto si suicida contro il mobile suit. Afflitta dalla morte del maggiore, Hamon organizza con i restanti soldati un nuovo attacco alla nave federale, e durante l'assalto Ryu sacrificherà la propria vita per salvare quella di Peter Rei schiantandosi con il core fighter contro l'astronave della donna.

La morte del tenente Matilda...

In seguito la Federazione invia tramite il tenente Matilda, un nuovo mezzo d'assalto da affiancare al Gundam, il G Fighter, mentre Kirishia invia sulla Terra i "Black Tristars" in aiuto al colonnello Makube nel tentativo di annientare la base bianca. Nuovamente l'astronave viene presa d'assalto dai Dom, ed il Gundam entra di nuovo in azione, tuttavia i nuovi mobile suit di Zion mettono in grande difficoltà Peter Rei, tanto che il ragazzo riuscirà a cavarsela solo grazie ad un'azione coraggiosa del tenente Matilda nella quale perderà la vita. Sconfitti i Black Tristars e raggiunto finalmente il maresciallo Revil, i nostri partono alla volta di Belfast dove ottengono i rifornimenti e gli aiuti necessari.

La spia di Zion...

Durante la breve permanenza in Irlanda, una ragazza di nome Mihal spia di Zion, simpatizza con Kay e riesce abilmente a penetrare all'interno della base bianca, dove di nascosto scopre le mosse tattiche che la Federazione ha intenzione di adottare, informando subito il maggiore Shia. In seguito Kay scopre l'identità di Mihal, ma ciò nonostante, invece di arrestarla la protegge, cosicchè la ragazza si pente del suo operato e decide di schierarsi dalla parte della Federazione. Intanto Shia decide di attaccare la base bianca e durante la battaglia Mihal morirà cercando di aiutare Kay a distruggere i mobile suit nemici.

Attacco a Jaburo...

Respinto l'ennesimo attacco Bright dirige l'astronave alla base segreta di Jaburo come da programma, e finalmente i nostri eroi ricevono ufficialmente gradi dell'esercito. Tuttavia il principato di Zion riesce a scoprire la posizione della base, grazie anche alle informazioni di Mihal, e quindi il maggiore Shia prepara un massiccio attacco all'insegna della base federale, ma ancora una volta Peter Rei e compagni riescono a resistere all'incursione nemica. Allontanata la minaccia, la Federazione prepara una strategia per contrattaccare il principato, e così Bright riceve l'ordine di partire per lo spazio. Fungerà da esca per attirare Zion, mentre il resto dell'esercito terrestre potrà partire indisturbato.

La newtype Lara Sune...

La tattica ottiene il risultato sperato, e mentre la flotta si dirige verso il quartier generale del nemico, la base bianca raggiunge la colonia neutrale di Side 6. Sulla colonia Peter Rei ritrova suo padre creduto morto, ma soprattutto conosce una ragazza newtype di nome Lara Sune protetta del maggiore Shia, che stimolerà nel ragazzo le capacità di newtype. Lasciata la colonia, la nave federale si riunisce con il resto della flotta per conquistare la fortezza di Salomone fulcro strategico delle operazioni di Zion, e nulla potrà Dozul Zabi contro l'enorme potenza del Gundam. Nel frattempo Shia incontra Seira nel New Texas, alla quale racconta la storia della loro famiglia, dell'assassinio del padre Zion Zum Daikun, e del suo desiderio di creare un luogo ideale in cui potesse crescere e svilupparsi un modello ideale di essere umano.

La morte improvvisa...

Intanto la guerra continua, e purtroppo durante una battaglia fra Peter Rei e Shia, Lara Sune perderà la vità nel tentativo di salvare il maggiore. Degin Zabi decide di sospendere le ostilità firmando un armistizio con il maresciallo Revil, ma Giren Zabi contrario a tale decisione aziona il Sola System, l'ultima arma nata dalle fabbriche di Zion, che annienta definitivamente l'astronave del padre e quella di Revil. Kirishia furiosa per l'azione commessa dal fratello lo raggiunge sull'asteroide di A Bao A Qu e lo uccide vendicando così la morte del padre. Ormai il principato di Zion rimasto senza un leader, non riesce più a frenare l'avanzata della Federazione che adesso è ad un passo dalla vittoria finale.

La disfatta di Zion...

Peter Rei intanto ingaggia l'ultima battaglia con il maggiore Shia che finirà alla pari con la distruzione di entrambi i mobile suit. L'ufficiale di Zion prima di dileguarsi uccide Kirishia che stava tentando la fuga, eliminando così l'ultimo membro della famiglia Zabi, mentre Peter Rei raggiunge l''equipaggio della base bianca che ha abbandonato la nave irrimediabilmente danneggiata dalla battaglia. La guerra finalmente termina con la vittoria della Federazione e per tutti quanti ormai può cominciare una nuova vita...